Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
双亲因飞机失事而去世的龙一&虎太郎兄弟。收养了这两人的是，同样因事故而失去儿子儿媳的森之宫学园理事长。但条件是，龙一必须在学园内设置的保育室负责照顾小孩！为了做母亲的老师而在学园内设置的保育室。为了补足那里的人手不足而创设的“育儿部”，龙一成为了部员第一号……！？
曾经，这是一个人类和魔法共存的世界，但一场意外的发生令魔法就此消身匿迹，一晃眼就是1000年过去，人类甚至连他们曾经拥有魔法这件事情都给忘记了。小日向满月（岛袋美由利 配音）是一名个性活泼开朗的女子高中生，不擅长拒绝的她无论别人拜托什么事情都会满口答应下来，因此在当地人缘非常的好。一天，小日向满月邂逅了一位名叫新月艾尔涅丝塔深海（种崎敦美 配音）的神秘少女，看上去冷漠孤傲拒人于千里之外的少女，也被小日向满月的热情给融化了。在新月艾尔涅丝塔深海的带领之下，小日向满月第一次知道这个世界上存在着人偶阿尔玛诺克斯，同时亦得知了魔法并没有完全绝迹的真相。
美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。
思春期症候群——这是一种只发生在易敏感和不稳定的青春期的、不可思议的现象。 例如，在梓川咲太面前出现的野生兔女郎。 她的真实身份是高中高年级学生，明星活动休止的女演员樱岛麻衣。她迷人的身姿，不知为何在周围的人眼里看不出来。 咲太决定解开这一谜题。在于麻衣一起度过的时间里，咲太知道了她秘密的想法…… 女主人公们一个接一个地出现于咲太的周围，她们都有着“青春期症候群”。在天空和大海都很闪耀的小镇上，开始了令人激动的故事。
这是新时代骑士与人工智能的正面交锋。故事背景设定为迎来新时代的日本。引领人工智能潮流的公司——“飞电智能”，研发了一款AI机器人，并将其投入到实际运用中。它们完美融入了职场，把新时代朝着电子化的方向推进。但妄图灭绝人类的恐怖分子“灭亡迅雷站”黑了机器人的系统使之暴走。在这样的情况下，政府成立了专门针对AI犯罪的人工智能特务机关，来镇压暴走的AI机器人，维持治安。在一系列事件中，以成为搞笑艺人为目标的主角——飞电或人成了中心人物。在被炒鱿鱼的主人公面前出现了一辆无人驾驶的高档车，然后他突然间被告知，自己要继承飞电智能公司社长的宝座……
回过神来，我只身一人站在地平线的中央。
那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。
不需要套近乎，无需女友，只有一个知心好友足以。舍弃青春之中一切非效率的我·大星明照的房间闯入了一个女孩。既不是妹妹，也不是朋友。是个烦人至极的缠人学妹。挚友的妹妹，小日向彩羽。「前辈，我们约会吧！是不是觉得我会这么说呀？」活力无限的她占据我的睡床，若有若无的色诱，非常喜欢烦我。可是，为什么大家都向我投以羡慕的眼神？因为彩羽这妮子，对外是活泼又清纯的优等生形象，非常有人气。喂喂……那为什么只喜欢烦我啊。烦人JK向我靠近！闷绝至极的甜腻粘人青春恋爱喜剧！
发气扬扬！赌上梦想的男子汉们的激斗开始了——出现在弱小的大太刀高中相扑部的新生，“小小”少年·潮火之丸！这名新部员的体格与以“巨大”“沉重”为绝对的竞技完全不合，但却拥有非同寻常的过去！？火之丸与弱小相扑部攻进的顶点之路——超白热高中相扑，开幕！！
自从王陆以灵剑派仙人为目标展开修行已经过了两年的岁月。他被赋予了“降临下界与俗世接触”的试炼，并前往自己出生的故乡。
小学生大雄、静香、小夫和胖虎是四个最亲密的伙伴，说是亲密伙伴，是因为他们四个经常在一起玩，但小夫和胖虎经常欺负大雄。而大雄天生就是被人欺负的对象。大雄家里住着来自未来的机器猫——哆啦A梦，哆啦A梦经常会看到大雄被欺负忍不住拿出一些未来世界的“道具”帮助他，不过大雄大多数都会滥用这些“道具”去作弄人，最后经常导致局面不可收拾，笑料百出！全新来临的第五季他们又会为我们带来什么样的欢乐故事呢？
